Фамилия Гондоян звучит непривычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. Перед нами типичная армянская фамилия, образованная по одной из самых распространённых моделей — с помощью патронимического суффикса -ян. Этот суффикс в армянском языке означает «из рода» или «принадлежащий», то есть Гондоян — буквально «потомок Гондо». Основа фамилии — личное имя или прозвище Гондо.

Что могло означать это имя? В армянском языке «гонд» (գոնդ) имеет несколько значений, но наиболее вероятное в контексте прозвища — «шар», «ком», «клубок». Прозвище Гондо могли дать человеку круглому, плотному по телосложению, либо же с кудрявой, вьющейся головой, напоминающей клубок. Встречается и значение «глыба» — в переносном смысле так могли назвать крепкого, основательного человека.

Менее вероятна, но не исключена связь с диалектным или устаревшим словом. В некоторых говорах «гонд» могло означать «безрогий» (о скоте) или относиться к названию населённого пункта. Если фамилия восходит к топониму, то её носитель — выходец из места с корнем «гонд» в названии. Такие сёла встречаются в исторической Армении, но точная привязка требует генеалогического поиска.

С точки зрения словообразования, фамилия Гондоян стоит в ряду однокоренных армянских фамилий: Гондарян, Гондинян, Гондоянц (вариант с древним суффиксом -янц). Социальный состав носителей был пёстрым: армянские фамилии на -ян в массе своей не указывают на дворянство или духовенство, а фиксируют родовую принадлежность простых земледельцев, ремесленников или торговцев. Исключение — случаи, когда род входил в число меликов (князей), но для фамилии Гондоян таких сведений в открытых источниках нет.

В русском контексте фамилия Гондоян могла получить ударение на последний слог, хотя в армянском оригинале оно, скорее всего, падает на первый (Го́ндоян). Написание с буквой «о» после «г» — стандартная русская передача армянского «o» (գ). Встречаются варианты транслитерации Гандоян, но они редки и связаны с диалектным произношением.