Фамилия Гндоян — типичный пример армянской родовой фамилии, образованной с помощью суффикса -ян (в классическом написании -янц), который в армянском языке означает «из рода таких-то» или «из семьи таких-то». В основе фамилии лежит личное или прозвищное имя Гндо (или Гандо), от которого поначалу и пошло обозначение потомков: «из рода Гндо».

Происхождение этого имени — самое спорное место. Есть несколько версий, и ни одна не выглядит бесспорной. Первая, и, пожалуй, самая неожиданная, выводит прозвище Гандо из топонима: ледник Гандо на Дарвазском хребте в Таджикистане. Если это так, то предок носителя фамилии мог быть выходцем из того региона, а гласный «а» со временем выпал — получилось «Гндо». Версия экзотичная, но географическая привязка к Центральной Азии для армянских фамилий редкость, что делает её любопытной, но требующей дополнительных подтверждений.

Вторая версия — антропонимическая. Гндо могли воспринимать как краткую форму от армянского имени Гандилян, которое переводят как «божественное благоухание». Сокращение длинных имён до одно-двух слогов в быту — обычное дело для многих культур, и армянская не исключение.

Третья версия отталкивается от нарицательного слова. В армянском есть слово gndak — «пуля» или «мяч». Если прозвище Гндо дали человеку, оно могло характеризовать его внешность (круглый, плотный) или характер (резкий, «летящий», как пуля). Такие прозвища по сходству с предметом — распространённый способ словообразования.

Какой бы ни была истинная основа, словообразовательная модель фамилии Гндоян прозрачна: корень Гндо / Гандо плюс родовой суффикс -ян. Фамилия указывает на принадлежность к определённому роду, а не на профессию или сословие. В армянской ономастике фамилии на -ян составляют подавляющее большинство, так что Гндоян вписывается в общую картину, выделяясь лишь неочевидной этимологией основы.