Фамилия Гандоян — армянская по происхождению, что сразу видно по типичному окончанию -ян, которое в армянском языке (где оно пишется как «յան») означает принадлежность к роду или клану. Буквально формант -ян передаёт значение «из семьи таких-то» или «из рода таких-то», поэтому фамилия Гандоян изначально указывала на происхождение от предка по имени или прозвищу Гандо.

Откуда взялось само прозвище Гандо? Здесь возможны две версии, и обе имеют право на существование. Первая связывает его с географией: Гандо — это название ледника в Дарвазском хребте на территории современного Таджикистана. Если предок носителя фамилии жил в том районе или был оттуда родом, прозвище Гандо могло закрепиться за ним по месту жительства. Такая модель образования фамилий по топонимам встречается не только у армян, но и у многих народов.

Вторая версия ведёт к антропонимике: Гандо могло быть краткой формой армянского мужского имени Гандилян. В переводе с армянского это имя означает «божественное благоухание» — слово явно не бытовое, а скорее книжное или религиозное, что указывает на возможную связь с духовной традицией. Сокращение имён до коротких обиходных форм — обычное дело в армянском языке (сравните с именами типа Ваго от Вагинак или Гаго от Гагач).

Выбрать одну версию как единственно верную сложно: обе логичны и опираются на реальные языковые и географические факты. Но важно, что независимо от того, что лежало в основе — топоним или личное имя, — фамилия Гандоян чётко вписывается в армянскую патронимическую модель: сначала было прозвище или имя Гандо, а потом к нему добавили родовой суффикс -ян.