Фамилия Гонгадзеня — редкий случай, когда по одному только окончанию можно уверенно определить регион происхождения. Суффикс «-еня» характерен для белорусской ономастики (сравните: Козел — Козленя, Жук — Жученя, Метель — Метеленя). В польском и украинском языках эта модель встречается реже, а в русском — почти не встречается. Значит, предки носителя фамилии жили на территории современной Беларуси или в смежных районах Польши и Литвы, где веками жили белорусы.

Основа «Гонгадз-» вызывает вопросы. В белорусском языке есть глагол «гангадаць» — «гундосить», «говорить в нос», «невнятно бормотать». Прозвище Гонгада или Гангада мог получить человек с гнусавым голосом или неразборчивой речью. Однако ударение в фамилии падает на последний слог (Гонгадзе́ня), что сближает её с польскими фамилиями на «-ня» от имён вроде Гонгад (от германского Gund — «битва»). Возможна и версия, что в основе лежит литовский корень gong- (звукоподражательный, от «гула» или «грома»), но она менее вероятна: типичные литовские фамилии оканчиваются на «-с», «-ис», «-ус», а не на «-еня».

Скорее всего, фамилия образовалась в XVI–XVII веках, когда в Великом княжестве Литовском активно шёл процесс закрепления прозвищ за крестьянскими и мещанскими родами. Первым носителем был человек по прозвищу Гонгад (Гангад) — либо за особенность речи, либо за манеру поведения. Его дети стали Гонгадзенями, то есть «малыми Гонгадами» (уменьшительно-ласкательная модель). Позже фамилия закрепилась за целым родом.

В современной Беларуси фамилия встречается единично, чаще — в Гродненской и Брестской областях. Однофамильцы могут жить в Польше (форма Gągadzenia) и среди белорусской диаспоры. Сословного статуса предков по фамилии не определить: «-еня» встречалась и у крестьян, и у шляхты (особенно мелкой, так называемой «застенковой»). Если ваш предок был православным — скорее крестьянин, если католиком — мог быть и шляхтичем.

Фамилия уникальна тем, что её почти невозможно перепутать с другой: похожих по звучанию русских фамилий нет, а белорусские аналоги (Гангадзеня, Гонгадзевич) крайне малочисленны.