Фамилия Гонгадзе — яркий пример грузинской модели образования фамилий, где суффикс -дзе указывает на происхождение от отца. В переводе с грузинского -дзе означает «сын», то есть Гонгадзе — это «сын Гонги». Такой суффикс характерен для западной Грузии, особенно для Имеретии, Гурии и Аджарии, и встречается у подавляющего большинства грузинских фамилий.

Основа «Гонга» — это, скорее всего, дохристианское личное имя или прозвище. В грузинском языке слово «гонга» (გონგა) имеет несколько значений, и самое вероятное из них — «колокол» или «звон». Встречается также значение «глухой звук» или «грохот». Таким образом, прозвище Гонга мог получить звонарь, человек с громким голосом или, наоборот, тот, кто производил шум, грохот. Менее распространённая версия связывает основу с тюркским словом «конга» — «кочевье», «стойбище», но для грузинского ареала это маловероятно.

В отличие от русских фамилий, где суффикс -ов/-ев указывал на принадлежность (Петров — сын Петра), грузинская модель -дзе не меняет окончания в зависимости от пола: и мужчины, и женщины носят фамилию Гонгадзе. В исторических документах фамилия встречается с XIX века, но, как и большинство грузинских родовых имён, она могла существовать задолго до официальной фиксации. Родовые прозвища в Грузии часто передавались по мужской линии без изменений на протяжении нескольких столетий.

Сравнение с другими грузинскими фамилиями на ту же основу (например, Гонгашвили, где суффикс -швили также означает «ребёнок» или «сын») показывает, что Гонгадзе — более архаичная форма, характерная для регионов, где фамилии складывались раньше. Носители фамилии Гонгадзе, как правило, не принадлежали к высшей аристократии (княжеские роды чаще имели суффиксы -швили или -ани), а происходили из среды крестьян, ремесленников или городских жителей. Точную географию расселения рода можно установить только по архивным записям, но чаще всего корни ведут в западные области Грузии.