Фамилия Гонгальские (в мужском роде — Гонгальский) образована от личного прозвища Гонгаль. В её основе лежит народное название птицы семейства аистовых — гонгал. Так в некоторых славянских говорах называли чёрного аиста или, реже, белого с чёрными маховыми перьями. Птица эта заметная: длина тела до 80 сантиметров, оперение белое, а хвост и крылья — чёрные, клюв толстый, сжатый с боков, при закрытом клюве между челюстями остаётся широкий просвет.

Прозвище Гонгаль могли дать человеку по внешнему сходству — например, за длинные ноги, высокий рост или манеру держаться. В славянской традиции существовал и охранительный обычай: нарекая младенца именем птицы или зверя, родители как бы вверяли его природе, чтобы та приняла ребёнка как своего и передала ему полезные качества — осторожность, зоркость, выносливость. Так Гонгаль из прозвища превращался в родовое имя.

Фамилия построена по продуктивной модели с суффиксом -ск(ий), который в славянской ономастике чаще всего указывает на географическое происхождение или принадлежность к месту. Однако в данном случае суффикс мог присоединиться к прозвищу напрямую, по образцу многих «птичьих» фамилий вроде Сокольский, Орловский, Лебединский. Это делает фамилию Гонгальский скорее прозвищно-патронимической, чем топонимической: она указывала не на выходца из села Гонгали, а на потомка человека по прозвищу Гонгаль.

О точном месте и времени возникновения фамилии говорить сложно: процесс формирования славянских фамилий был длительным и шёл неравномерно в разных регионах. Фамилия встречается в основном в восточнославянских землях, особенно на территории современной Беларуси и западных областей России, что косвенно подтверждает диалектное происхождение слова «гонгал». В польской ономастике известна фамилия Gągalski, которая могла смешиваться с русским вариантом при миграциях.

Несмотря на редкость, фамилия Гонгальские — живой пример того, как народная зоологическая лексика закрепилась в родовом имени. Она не перегружена альтернативными версиями: попытки связать её с литовским или балтским корнем малоправдоподобны, так как ареал бытования фамилии и прозрачная славянская этимология говорят сами за себя.