Фамилия Гонгальский ведет начало от прозвища Гонгаль, а оно, в свою очередь, от названия птицы семейства аистов — гонгал. Эта крупная птица длиной до 80 сантиметров отличается белым оперением с черными хвостом и крыльями, толстым клювом, сжатым с боков, с характерным широким просветом между челюстями при закрытом клюве. Прозвище Гонгаль родители могли дать младенцу, желая, чтобы природа воспринимала ребенка как своего и чтобы к нему перешли полезные качества этого представителя животного мира. Со временем потомок человека с прозвищем Гонгаль получил фамилию Гонгальский.

Модель образования фамилии указывает на её географическое происхождение. Суффикс -ский (в варианте -ский, а не -цкий) типичен для польской, украинской и белорусской ономастики, а также для русских фамилий дворянского или шляхетского происхождения. Чаще всего такие фамилии образовывались от названий населенных пунктов: человек, живший в местечке Гонгалы или Гонгаль, становился Гонгальским. Прозвищная версия — от птицы — не противоречит этому: прозвище Гонгаль могло закрепиться за человеком, а его дети уже получали фамилию по модели «чей?» — Гонгальский, то есть «сын Гонгаля».

Фамилия редкая, встречается в основном на территории современной Украины и в южных областях России. В дореволюционных источниках фамилия могла фиксироваться в вариантах Гонгальскiй, Гонгальской. Однокоренные фамилии — Гонгаль, Гонгаленко, Гонгалюк — подтверждают, что основа Гонгал- была живым прозвищем или топонимом в западнорусских землях.