Фамилия Гонибесов — одна из тех русских фамилий, которые сразу привлекают внимание своей необычной звуковой формой. В её основе лежит глагольное прозвище, образованное по модели повелительного наклонения: «гони беса». Такие «запретительные» или «повелительные» фамилии (вроде Убейкобы, Держиморда, Сорокина) были распространены в русской среде, но Гонибесов звучит особенно выразительно из-за религиозного подтекста.

Прозвище Гонибес могли дать человеку, который активно боролся с «нечистой силой» — в прямом или переносном смысле. В крестьянской среде так могли назвать строгого старосту, попа, а то и просто сварливого соседа, который «гонял беса» из каждого. Вторая версия, более прозаичная: прозвище могло быть шутливым или ироничным — им награждали неуживчивого, вздорного человека, который везде видел происки дьявола и лез в драку. Слово «бес» в русских говорах имело и бытовое значение: так могли называть озорника, проказника.

С точки зрения словообразования фамилия стоит в ряду на -ов, что указывает на принадлежность: «сын Гонибеса». Суффикс -ов — самый распространённый в русских фамилиях, он закрепился за основами, оканчивающимися на твёрдый согласный. В данном случае основа «Гонибес» — мужское прозвище, которое в документах могло фиксироваться и без фамильного суффикса.

Географически фамилия встречается в основном в центральных и южных областях России, но не является частой. В дореволюционных переписях её носители — в основном крестьяне и мещане. Среди духовенства фамилия не прижилась: семинаристам давали более книжные варианты вроде Бесогонов или Экзорцистов, а Гонибесов остался в народной среде.

Поскольку фамилия редкая, её носители, скорее всего, происходят из одной или нескольких родственных ветвей. Споров о происхождении у этимологов нет: корень читается прозрачно, и альтернативные трактовки (например, от тюркского или финно-угорского) не имеют оснований — слово «бес» здесь общеславянское, а глагол «гнать» — исконно русский.