Фамилия Гоноболина — женская форма от Гоноболин, и её разбор стоит начать не с корня, а с прозвища, которое легло в основу. В русских говорах «гоноболь» или «гонобобель» — это народное название кустарника и ягод, которые мы знаем как голубику или, реже, водянику. Слово это сложное: первая часть «гоно-» родственна «гнать» (в значении «гнать, изгонять»), вторая — «боль» (болезнь). В народной медицине считалось, что отвар из листьев и ягод гоноболи помогает от желудочных болей, отсюда и название — «гоноболь», то есть «выгоняющая боль».

Прозвище Гоноболя или Гоноболь могли дать человеку по нескольким причинам. Самая прямая — по месту жительства: кто-то жил у болота, где обильно росла эта ягода, или занимался её сбором и продажей. Вторая версия — по сходству: возможно, прозвище закрепилось за сутулым или скрюченным человеком (куст гоноболи низкорослый и стелющийся), либо за тем, кто постоянно жаловался на боли, «гонял боль». Третья, менее вероятная, но встречающаяся в ономастике — от диалектного глагола «гонобить» (копить, добывать, заботиться), но в этом случае логичнее была бы фамилия Гонобилин.

Фамилия образована по самой распространённой русской модели: к основе прозвища Гоноболя добавился притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность: «чей?» — «Гоноболин сын», то есть сын Гоноболи. Форма Гоноболина, соответственно, — жена или дочь Гоноболина.

Географически фамилия тяготеет к северным и северо-западным регионам России — Архангельской, Вологодской, Новгородской областям. Именно там гоноболь (голубика) растёт в изобилии, и диалектное слово было в ходу. В центральных и южных областях фамилия встречается реже, что подтверждает её «северное» происхождение.

Сословных границ у фамилии не было: её могли носить и крестьяне, и мещане, и духовенство. В метрических книгах XIX века Гоноболины встречаются среди государственных крестьян и однодворцев, что говорит о давнем бытовании фамилии в непривилегированных слоях. Известных носителей с этой фамилией в истории нет — она осталась в ряду «народных», не попавших в дворянские родословные книги, но от этого не менее интересных как свидетельство живого языка и быта русской деревни.