Фамилия Гоноболева — одна из тех, где прозвище, лёгшее в основу, выглядит странновато для современного уха, но было совершенно обыденным в крестьянской среде. Её разгадка лежит в диалектном глаголе «гонобо́лить» — так в некоторых русских говорах (особенно северных и сибирских) называли хлопотать, суетиться, делать что-то с трудом или попусту тратить время. Соответственно, Гонобо́лем прозывали человека суетливого, хлопотливого, а возможно — того, кто много работает, но без особого толка. Прямых уничижительных ноток здесь нет: скорее, меткая бытовая характеристика.

Словообразовательный разбор прост и прозрачен. Основа — «гонобол-», суффикс «-ев» (с факультативным окончанием женского рода «-а»). Это типичная русская фамилия, образованная по патронимической модели: сначала было прозвище Гоноболь, затем — «чей сын?» — Гоноболев, а женская форма Гоноболева закрепилась за женщиной как носительницей фамилии или как «вдова/дочь Гоноболева». Интересно, что суффикс «-ев», а не «-ов», указывает на основу на мягкий или шипящий согласный (в данном случае на «ль»). Это отличает фамилию от, скажем, Гоноболова, если бы такая существовала.

С географической точки зрения фамилия тяготеет к Русскому Северу и Вятке. Именно там фиксируются старые формы глагола «гоноболить» и прозвища от него. Встречается она относительно редко, что говорит о локальном происхождении: в одной деревне или волости прозвище могло прижиться, а в соседней — нет. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего оказывались государственными крестьянами или людьми из посадских сословий — никакого дворянского следа здесь нет.

Иногда высказывают версию, что в основе — название растения гонобобель (так в народе зовут голубику или чернику). Это правдоподобно только отчасти: диалектное «гонобобель» действительно существует, но прозвище «Гонобобель» скорее дали бы сборщику ягод или человеку, жившему у ягодного места. Однако форма «Гоноболев» прямо указывает на глагольный корень «гонобол-», а не на ягодный «гонобоб-». Поэтому версия с растением — вторичная и менее убедительная. Наиболее точное значение: предок носителя фамилии был человеком деятельным, хлопотливым, возможно — непоседой, за что и получил своё прозвище.