Фамилия Гонобин — один из тех редких случаев, когда прозвище не просто перешло в фамилию, а сохранило в основе почти забытое слово. Корень здесь — «гоноба» или «гонобь», диалектное название болотной ягоды, которую в разных областях России называют голубикой, гонобобелью, дурникой или пьяникой. В говорах слово «гонобой» (или «гоноболь») означало и саму ягоду, и место, где она растет. Соответственно, прозвище Гоноба или Гонобой могли дать либо любителю собирать эту ягоду, либо человеку, жившему у гонобного болота, либо тому, кто промышлял её продажей.

Суффикс -ин в фамилии указывает на типичную восточнославянскую модель образования от основ на -а/-я: Гоноба → Гонобин, то есть «сын Гонобы» или «человек из семьи Гонобы». Это одна из самых древних и распространенных форм русских фамилий, особенно в северных и центральных губерниях, где ягода была привычной частью быта. Интересно, что слово «гоноболь» в некоторых местах имело переносное значение — так могли назвать вялого, медлительного или, наоборот, суетливого человека (от глагола «гонобиться» — хлопотать, суетиться), что добавляет вторую, менее очевидную версию происхождения прозвища.

В письменных источниках фамилия встречается нечасто, что говорит о её локальном характере. Она могла закрепиться в крестьянской среде, где прозвища по растениям и природным приметам были обычным делом. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые часто образовывались от мирских имён вроде Гонобой, форма Гонобин несколько архаичнее и в большей степени свойственна северо-западным и северным говорам — именно там, где голубику и сейчас называют гонобобелью. Если искать аналоги, то в ономастическом ряду стоят фамилии Клюквин, Брусничин, Малинин — все они образованы по тому же принципу от названий ягод, но Гонобин выделяется редкостью основы и тем, что слово почти исчезло из живого языка.