Фамилия Гонохин — одна из тех, где необычное звучание скрывает простое происхождение. Она образована по стандартной для русского севера и центра модели: от прозвища или имени Гоноха плюс типичный фамильный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гонохи).

Ключ к значению — основа «гонох-». В русских говорах слово «гонок» означало проворного, скорого на дело человека. В словаре Владимира Даля зафиксировано прилагательное «гоношистый» — тороватый, расторопный, а глагол «гоношить» значил хлопотать, суетиться, делать что-то с усердием. Вероятнее всего, Гонохой в крестьянской среде называли расторопного, хозяйственного мужика, который всё успевает и не сидит без дела. Это прозвище-характеристика, распространённый тип мирского имени.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с диалектным «гон» (охота, гоньба) или с личным именем Гонорий (от лат. honor — честь), но в быту такие редкие календарные имена чаще усекались до Гонора, а не до Гонохи. Поэтому версия с прозвищем от «гоношить» выглядит надёжнее.

Географически фамилия Гонохин редкая и точечная. Основной ареал — юг Вятской губернии (современные Кировская и Марий Эл) и прилегающие районы Поволжья. В метрических книгах XIX века Гонохины встречаются среди государственных крестьян, что исключает дворянское или купеческое происхождение — это фамилия земледельцев и ремесленников.

В написании возможны варианты через «а» (Ганохин) — это следствие акающего произношения, когда безударная «о» звучала как «а». В документах при переписях могли записать на слух, поэтому в разных ветвях одной семьи порой закреплялось разное написание. Современные носители фамилии чаще живут в Поволжье и на Урале, а также в Москве и Санкт-Петербурге — результат миграций XX века.