Фамилия Гонохина — женская форма, парная к мужской Гонохин. В её основе лежит неканоническое имя или прозвище Гоноха. Слово «гонох» в русских говорах означает «гордый, спесивый, заносчивый человек», а также «щеголь, франт». Словарь В. И. Даля фиксирует глагол «гоношиться» — «важничать, чваниться, ломаться». Человек, получивший такое прозвище, вероятно, отличался горделивым нравом или любил нарядно одеваться, выделяться из среды.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ин, свойственной русским фамилиям от основ на -а, -я. Суффикс указывает на принадлежность: Гонохин — «сын Гонохи» или «человек из семьи Гонохи». Эта модель — одна из самых распространённых в северных и центральных областях России, где отчества и прозвища на -ин вытесняли южнорусские формы на -ов.

Географически фамилия редкая. Встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что может говорить о миграции носителей из центральных губерний в XVII–XVIII веках. В документах XVIII века упоминаются крестьяне Гонохины в Казанской и Вятской губерниях — типичная среда бытования прозвищной фамилии, не связанной с дворянством или духовенством.

Стоит отметить, что в отличие от фамилий, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Гонохина — «говорящая» фамилия, напрямую отражающая характер или внешность предка. Это не редкий случай, но в словарях русских фамилий она не фиксируется, что подтверждает её локальный и сравнительно поздний характер (не ранее XVI–XVII веков). Таким образом, предок носительницы этой фамилии — скорее всего, крестьянин или посадский человек, получивший прозвище за гордый нрав или любовь к щегольству.