Фамилия Гоноченко — типичный пример украинской фамилии, образованной по распространённой модели с суффиксом -енко. На востоке Украины этот суффикс (уменьшительно-патронимический) буквально означал «маленький» или «сын такого-то». То есть Гоноченко — это «сын Гоноченка» или, если упростить, потомок человека по прозвищу Гонок.

С корнем сложнее, и здесь начинается самое интересное. Основа «Гоноч-» восходит к украинскому глаголу «гонити» или «ганяти» (гнать, понукать). Прозвище Гонок могли дать человеку по двум причинам. Первая — по характеру: непоседе, тому, кто всё время куда-то спешит, «гонит». Вторая — по занятию: погонщику скота или вознице, который «гонит» лошадей или волов. В украинских говорах слово «гоноч» могло также означать «гонщик» или «тот, кто подгоняет». В пользу ремесленной версии говорит и то, что фамилии на -енко в XV–XVII веках чаще всего закреплялись за казаками и крестьянами, где профессия или характерная черта легко становились родовым именем.

Существует и менее вероятная, но возможная версия: связь с диалектным «гон» в значении «мера площади» или «участок земли». Тогда Гонок — это крестьянин, владевший определённым наделом. Однако в фамилии Гоноченко ударение падает на второй слог (Гоноче́нко), что скорее указывает на глагольную основу, а не на земельный термин.

Есть и редкий нюанс: в некоторых западноукраинских говорах «гоноч» могло быть вариантом слова «гончар» (гончар — мастер по глине). Но это уже совсем локальная гипотеза, и фамилия Гоноченко географически тяготеет к центральным и восточным областям Украины (Черкасская, Полтавская, Киевская области), где «гончар» звучал бы иначе.

Таким образом, перед нами фамилия-прозвище, возникшая в среде простых людей, вероятно, в XVI–XVII веках. Предок носителя фамилии был либо человеком подвижным и торопливым, либо — что практичнее — погонщиком, возчиком или пастухом. Фамилия недвусмысленно указывает на социальные корни: никакого дворянства, чистая казацкая или крестьянская среда.