Фамилия Гонтковский — одна из тех, что прямо указывает на ремесло предка. В её основе лежит украинское слово «гонт»: так называли тонкие деревянные дощечки, которыми в лесных регионах и Карпатах крыли крыши вместо черепицы. Прозвище Гонтко давали либо кровельщику, который настилал такой гонт, либо мастеру, занимавшемуся его заготовкой. Это типично «профессиональное» прозвище, которое закреплялось за человеком по роду его занятий.

Даль в своём словаре подробно описывает устройство такой кровли: по стропилам кладут решетины, а затем кроют тесом, дранью или гонтом. Слово «гонт» хорошо знакомо в украинском и польском языках — оно восходит к немецкому Gang («проход», «ход»), что в строительном контексте означало «ряд, настил». В польском gont — это та же кровельная дощечка, а gontarz — мастер по гонту.

Фамилия образована по типичной для восточнославянских и польских земель модели: основа Гонтк- + суффикс -овск-/-евск- (в русской передаче — -овский/-евский). Такие фамилии на -ский первоначально были прилагательными, отвечавшими на вопрос «чей?» или «откуда?». Но в данном случае суффикс присоединился не к названию местности, а к прозвищу, что не редкость: так возникали фамилии вроде Ковалевский (от коваль — кузнец) или Столяровский. Гонтковский — буквально «сын или потомок Гонтко».

Встречается фамилия в основном на западе Украины, в Польше и среди потомков выходцев оттуда. В польском написании — Gontkowski, с тем же корнем. Вариант с «т» вместо «д» (не Гондковский) указывает на глухой согласный в исходном слове gont.

Таким образом, родоначальник Гонтковских был человеком, который работал с деревом — крыл крыши или заготавливал гонт. Фамилия не выдумана искусственно, а выросла из живого прозвища, и в ней, как в метке, сохранилось занятие предка, жившего, скорее всего, в лесистой местности Карпатского региона.