Фамилия Гонюх — редкий случай в русской ономастике, где суффикс -юх играет главную роль. В отличие от распространённых -ов, -ин или -ский, этот суффикс характерен для украинской и белорусской традиции образования фамилий. Он придаёт основе оттенок просторечия или уменьшительности, часто с лёгкой фамильярностью: сравните с фамилиями Харюк, Малюк, Костюк. Таким образом, Гонюх — это не отчество, а прозвищная фамилия, где -юх закрепил за человеком его главную черту или занятие.

Основа «гон-» отсылает к глаголу «гнать» (в древнерусском «гънати»). В прямом смысле это могло быть прозвище гонщика, возницы или погонщика скота — человека, чья работа была связана с движением, перегоном лошадей или волов. Однако в диалектах слово «гонюха» иногда означало и бродягу, беглеца, того, кого «гонят» обстоятельства. Вторая версия, менее вероятная, но возможная: связь с «гон» как частью охоты (загон зверя) — тогда предок мог быть загонщиком на облаве.

География фамилии сегодня сосредоточена на западе России, особенно в Псковской и Брянской областях, а также в Беларуси. Это подтверждает её западнорусские или белорусские корни: в этих краях суффикс -юх встречается чаще, чем в центральной России. Интересно, что в старорусских переписных книгах и ревизских сказках фамилия практически не встречается — она оформилась позже, в XVIII–XIX веках, когда крестьянам массово давали фамилии по прозвищам, а не по отчеству.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Гончаров (от «гончар») или Гонцов (от «гонец») показывает разницу: Гонюх — не ремесленная и не служилая, а чисто бытовая, уличная кличка. Это мог быть человек с быстрой походкой, нетерпеливый в делах или, наоборот, тот, кто постоянно куда-то спешил. В любом случае, фамилия звучит живо и неформально, без канцелярской сухости, что выдаёт её народное происхождение.