Фамилия Гонюхов — один из тех случаев, когда разбор суффикса сразу проясняет историю. В ней выделяется суффикс -юх-, который в русских фамилиях встречается нечасто. Обычно он указывает на прозвище, образованное от глагола с помощью этого суффикса (сравните: зевака — от зевать, летюха — от лететь). Основа здесь — гон- от глагола «гнать» или «гонять». Таким образом, Гонюх — это человек, который гоняет, погоняет, возможно, пастух, погонщик скота или возчик. Фамилия отвечает на вопрос «чей сын?»: Гонюхов — сын Гонюха.

Второй вариант, менее вероятный, но возможный: в некоторых говорах «гонюх» могли называть того, кто быстро ходит или бегает, то есть непоседу. Однако первая версия — с профессиональным оттенком — выглядит убедительнее, потому что прозвища по роду занятий давали чаще, чем по случайной черте характера. Фамилия Гонюхов могла закрепиться за крестьянином, который занимался перевозкой грузов или пас скот.

Географически фамилия редкая. Встречается в основном в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает связь с сельским хозяйством и извозом. В дореволюционных переписях Гонюховы фиксировались среди крестьян и однодворцев — сословия, которое сочеталось с несением сторожевой службы и земледелием.

Однокоренные фамилии — Гонюков, Гонюшин — построены по той же модели, но с другими суффиксами. Гонюхов выделяется именно редкостью форманта -юх-, что делает фамилию приметной даже в ряду похожих прозвищных образований.