Фамилия Гонюхова образована от мужского варианта Гонюхов, а тот — от прозвища или нецерковного имени Гонюх. Основа здесь — глагол «гонять» или «гнать». В русских говорах «гонюха» могли назвать того, кто постоянно гоняет скотину, работает погонщиком, либо человека торопливого, суетливого, который «гоняет» других. В словаре Владимира Даля зафиксировано слово «гонюх» в значении «погонщик, гуртовщик», так что прямая связь с ремеслом очевидна: предок мог быть пастухом или возчиком, перегонявшим скот или товары.

Модель фамилии — типичная для русской ономастики: суффикс -ов присоединяется к основе на -юх, образуя притяжательное прилагательное, которое затем закрепилось как фамилия. Форма Гонюхов (а не, скажем, Гонюхин) указывает на то, что исходное прозвище было на согласный — Гонюх, а не Гонюха. Это редкий случай: суффикс -юх в прозвищах встречается нечасто, чаще образуются фамилии на -юхин (ср. Ванюхин, Танюхин). Гонюхов стоит особняком — возможно, в основе лежало не уменьшительное от имени, а именно прозвище от действия.

По географии фамилия редкая. Основные очаги — центральные и южные области России, особенно бывшие казачьи территории (Ростовская область, Краснодарский край). Там слово «гонюх» могло бытовать в говорах донских казаков. Встречается также в Беларуси и на Украине, где могло писаться как Гонюхів, но русская форма сохранила типичное окончание -ов.

Споров по этимологии почти нет: все версии сходятся к глаголу «гнать». Альтернативная гипотеза — связь с диалектным «гонюха» (вид рыбы или птицы) — маловероятна, так как не подтверждается письменными источниками. Более правдоподобно, что фамилия возникла в среде крестьян и казаков, где прозвище по занятию было нормой, а не исключением.