Фамилия Гордюшенко начинается с разбора суффикса. Суффикс -енко — это классический украинский патронимический формант, который означает «маленький» или «сын». То есть Гордюшенко — буквально «сын Гордюши». Такая модель образования фамилий была особенно распространена в Левобережной Украине, на Слобожанщине и в южных регионах России, куда она попала вместе с переселенцами.

Основа фамилии — имя Гордюша. Это народная, уменьшительно-ласкательная форма от канонического крестильного имени Гордий. Имя Гордий (от греческого Гордиас) в античной культуре известно прежде всего по легенде о царе Гордии и гордиевом узле. В народной среде это имя переосмысливалось, иногда связывалось с прилагательным «гордый», хотя этимологически прямой связи нет. Так что предок носителя фамилии, скорее всего, в быту звался Гордюшей — либо по имени, данному при крещении, либо по прозвищу, образованному от того же корня.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от прозвища Гордюша, которое могли дать человеку с гордым, независимым нравом. В этом случае фамилия отражает не родство по отцу, а личную характеристику первого носителя. Однако в ономастике принято считать, что патронимические фамилии на -енко чаще указывают на имя, а не на прозвище, если тому нет прямых документальных подтверждений.

Географически фамилия Гордюшенко тяготеет к центральным и восточным областям Украины, а также к югу России. Встречаются варианты написания с одной «с» (Гордюшенко), что связано с народным произношением, но в современной орфографии закрепился двойной вариант. Редкость фамилии в том, что она не получила широкого распространения за пределами украиноязычной среды, в отличие от более частых Гордиенко или Гордеевых. Это указывает на локальный характер фамилии: скорее всего, она возникла в одном селе или волости и долго бытовала в пределах узкого круга родственных семей.