Фамилия Горгуновский — редкий образец, где за благозвучным суффиксом -ский прячется не топоним, а прозвище, искажённое временем. Вопреки ожиданиям, её основа не связана с мифическими горгонами или греческой мифологией. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища Горгун, которое, в свою очередь, восходит к диалектному глаголу «горготать» — то есть громко, раскатисто говорить, хохотать, издавать гортанные звуки. В южнорусских и украинских говорах «горгун» — говорун, крикун, балагур. Человек с таким прозвищем, вероятно, обладал зычным голосом или неугомонным нравом.

Модель образования типична для польско-украинского пограничья: прозвище Горгун обрастало суффиксом принадлежности -овск-/-евск-, а затем окончанием -ий. Фамилии на -ский в этой среде часто указывали на владельческую или родовую принадлежность: Горгуновский — буквально «сын или потомок Горгуна». В отличие от чисто великорусских фамилий на -ов/-ин, эта форма выдаёт шляхетские или мещанские корни, хотя со временем могла закрепиться и за крестьянами, попавшими в ревизские сказки через прозвище главы семьи.

Существует и менее вероятная, но заслуживающая упоминания версия: от названия населённого пункта вроде Горгуны или Горгуново. Однако на картах Восточной Европы такие топонимы не фиксируются. Если предположить, что они существовали в микротопонимике (хутор, урочище), то фамилия всё равно выводится из того же корня «горг» — горластый, шумный. Таким образом, обе версии сходятся к одному смысловому ядру.

Географически фамилия тяготеет к западу и юго-западу России, а также к Украине. В дореволюционных метрических книгах Горгуновские встречаются в Подольской, Волынской и Киевской губерниях — именно там диалектное «горготать» было в ходу. Сословный состав был пёстрым: от однодворцев до мелкопоместной шляхты, которая после разделов Речи Посполитой записывалась в мещане или государственные крестьяне.

В написании фамилия устойчива: двойное «н» в суффиксе — норма для прилагательных на -ский, происходящих от основ на -ун. Варианты Горгуновской (с окончанием -ой) встречаются, но редко и, как правило, в женском роде. Сегодня фамилия остаётся малочисленной, но её носители могут быть уверены: предок был человеком заметным — голосистым, общительным, не из тихоней.