Фамилия Готанян — почти наверняка армянского происхождения, и её разумнее всего рассматривать в контексте армянской антропонимии, а не русской. Хотя в русском языке она пишется и склоняется, её основа и суффикс выдают нерусское происхождение.

Ключевой элемент здесь — типичный армянский патронимический суффикс -ян (в старой орфографии — -янц), который означает «из рода» или «принадлежащий». В русском языке этот суффикс часто адаптируется без изменений. Основа фамилии — Гота (или Гот). Что она могла означать? Самая простая и вероятная версия: это вариант армянского имени или прозвища. В армянском языке есть слово «гот» (գոթ), которое может относиться к древнегерманскому племени готов, но для фамилии это экзотично. Гораздо правдоподобнее, что основа восходит к армянскому личному имени Геворг (Георгий) в одной из его диалектных или сокращённых форм. В армянских говорах «Геворг» могло редуцироваться до «Гот» или «Готь», откуда и пошло «Готанян» — «из рода потомков Гота» (то есть Геворга). Такая модель образования (имя → прозвище → фамилия) типична для армянских фамилий.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом. В Армении и исторической Западной Армении есть несколько сёл с корнем «Гот» (например, Готур, Готашен), и фамилия могла указывать на выходца из такого места. Однако для фамилий на -ян топонимическое происхождение встречается реже, чем патронимическое.

С точки зрения грамматики, фамилия Готанян в русском языке склоняется как обычное существительное мужского рода (Готаняна, Готаняну), но женский вариант (Готанян) не склоняется, если женщина носит эту фамилию. В самой Армении фамилия встречается нечасто, но не является уникальной — она входит в круг фамилий, образованных от сокращённых форм имени Геворг, таких как Геворкян, Геворгян, а также Готьян, Готян. Таким образом, предки человека с фамилией Готанян, скорее всего, были армянами, жившими на территории исторической Армении или в диаспоре, и их родовое имя восходит к человеку по имени Геворг.