Фамилия Гоганян — армянская по происхождению, что ясно уже по её финальной части. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — один из самых распространённых патронимических показателей в армянской ономастике. Он означает «из рода такого-то» или «потомок» и соответствует русским окончаниям -ов/-ев. Основа фамилии — Гоган — это вариант армянского личного имени Гога, которое, в свою очередь, восходит к Григор (армянская форма имени Григорий). В армянском языке звук «р» в потоке речи мог редуцироваться или опускаться в разговорных формах, особенно при образовании уменьшительных имён. Так из Григор получилось Гргор, а затем — Гога, Гоган. Таким образом, Гоганян буквально означает «потомок Гогана», где Гоган — сокращённая и обласканная форма от Григорий.

Интересно, что фамилия Гоганян имеет и другой, менее очевидный, но возможный корень. В армянском языке есть слово «гог» (գող), которое означает «вор». В сочетании с уменьшительным суффиксом -ан оно могло дать прозвище Гоган — «вороватый», «маленький вор». Однако такая версия менее правдоподобна для фамилии, которая закреплялась за родом: прозвища с явно отрицательной характеристикой реже становились основой для фамилий, чем имена святых или уважаемых предков. Версия с именем Григорий выглядит убедительнее, тем более что в армянских святцах Григорий Просветитель — фигура центральная, и производные от его имени встречаются повсеместно.

Географически фамилия Гоганян тяготеет к западным регионам исторической Армении — территориям, которые сейчас входят в состав Турции (районы Вана, Муша, Эрзурума). После Геноцида армян 1915 года носители фамилии расселились по всему миру: в Армении, России, США, Франции и Ливане. В России фамилия встречается преимущественно в Краснодарском крае, Ставрополье и Ростовской области — регионах, куда в XIX–XX веках переселялись армяне из Западной Армении.

По социальному составу предки Гоганянов, скорее всего, были ремесленниками или крестьянами. Фамилия не указывает на знатное происхождение (в отличие от фамилий на -уни или -янц у княжеских родов). Это рядовая патронимическая фамилия, каких в Армении тысячи, и её носители не принадлежали к высшей аристократии, а составляли основную массу народа — торговцев, земледельцев, скотоводов. В этом её ценность: она хранит память о простом человеке по имени Гоган, который жил несколько веков назад и дал начало роду.