Фамилия Гоганова — женская форма фамилии Гоганов. Её происхождение неочевидно и допускает как минимум две версии, причём обе упираются в редкую или диалектную основу.

Самый прямой путь — от прозвища или имени Гоган. В русских говорах слово «гоган» (или «гоголь») означало птицу — обычно нырковую утку, а в переносном смысле — человека с важной, выпяченной походкой, «гоголем». Сравните фамилию Гоголь, известную по писателю. Но в случае с Гогановым суффикс -ан- может указывать на другую словообразовательную модель: не на прозвище от птицы, а на производное от личного имени Гога (уменьшительное от Григорий, Георгий или реже — от Гавриил). Тогда Гоган — это «сын Гоги», то есть отчество второго порядка, а Гоганов — уже «внук Гоги». Такая цепочка (Гога → Гоган → Гоганов) типична для русских фамилий XVI–XVII веков.

Третья, более спорная версия — тюркские корни. У народов Поволжья и Кавказа встречается имя Гоган (вариант Коган) со значением «правитель» или «хан». Но для русской фамилии это скорее исключение: носители Гогановых в исторических документах чаще встречаются в центральных и северных губерниях России, а не в регионах с тюркским населением.

Географически фамилия редкая. По переписям XIX — начала XX века основная масса Гогановых фиксировалась в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях — то есть на территории, где активно бытовали диалектные слова и уменьшительные формы имён. Встречаются единичные записи в Тверской и Смоленской губерниях. Это позволяет предположить, что фамилия возникла в среде крестьян или посадских людей, а не дворянства: в родословных книгах Гогановы не значатся.

Форма Гоганова с ударением на второй слог (Гоганова) — стандартная для фамилий от основ на -ан. Склоняется по правилам прилагательных. В мужском варианте — Гоганов.