Фамилия Готер — редкая для русского уха, и её происхождение почти наверняка не славянское. В русской ономастике фамилии, оканчивающиеся на -ер, обычно указывают на западное, чаще немецкое, влияние. Скорее всего, Готер — это русифицированная форма немецкой фамилии Gother или Goter.

Основа фамилии восходит к немецкому слову «Gott» (Бог). В таком случае Готер — это вариант фамилии Готтер, которая могла быть либо прозвищем набожного человека, либо, что встречается реже, сокращением от сложного имени вроде Готтфрид (Божий мир). Другая, более приземлённая версия, связывает фамилию с профессиональным прозвищем. В южнонемецких диалектах «Goter» могло означать «крёстный отец» или «восприемник», то есть человека, который часто выступал в этой роли на крестинах.

Появление фамилии Готер в России связано с волнами переселения немцев в XVIII–XIX веках. Немецкие колонисты оседали в Поволжье, Причерноморье, а позже — в Санкт-Петербурге и Москве. При записи в метрические книги их фамилии часто искажались или упрощались на слух, так что оригинальное Gother могло превратиться в Готер. Встречается она и у балтийских немцев, и у евреев-ашкеназов, которые также могли носить вариант Gotter.

С точки зрения словообразования, фамилия не имеет типичных русских суффиксов (-ов, -ин, -ский), что сразу выдаёт её иноязычное происхождение. В русском языке она осталась практически в неизменном виде, только с кириллическим написанием. Ударение, скорее всего, падает на первый слог — Го́тер.

Сравнение с однокоренными фамилиями вроде Готман, Готлиб или Готшальк подтверждает, что корень «гот» (Gott) в немецких фамилиях был очень популярен, но Готер стоит особняком — это не составное имя, а либо прозвище, либо профессия. География фамилии в России сегодня — единичные случаи, в основном в крупных городах, что говорит о её редкости и, вероятно, о том, что большинство носителей утратили связь с немецкими корнями ещё в XX веке.