Фамилия Говдаханов — одна из тех, где корень ясно указывает на восточное, скорее всего тюркское, происхождение, а суффикс — на русскую адаптацию. Основа «Говдахан» распадается на две части: «говда» и «хан». Вторая часть — «хан» — широко известна как титул правителя или военачальника у тюркских и монгольских народов. Первая часть сложнее. Скорее всего, «говда» — это искажённое или диалектное произношение слова «кувдат» (арабско-персидского происхождения, означает «сильный», «могучий») либо связано с тюркским «гёвде» («тело», «стан», «туловище»). В таком случае прозвище Говдахан могло означать «хан с могучим телом» или «сильный правитель». Менее вероятна версия, что это имя собственное Говда + хан (как составное личное имя, популярное в прошлом у кумыков, ногайцев или чеченцев).

Фамилия образована по русской модели: к основе добавили суффикс -ов. Это типичный способ русификации нерусских фамилий в XIX–XX веках, когда окончание -ов приписывали к тюркским или кавказским именам и прозвищам, чтобы подогнать их под стандарт русской документации. Таким образом, Говдаханов буквально означает «сын (или потомок) Говдахана».

Географически фамилия редкая и тяготеет к Северному Кавказу и Нижнему Поволжью. Встречается у чеченцев, кумыков, аварцев, реже — у астраханских татар. В русских архивных записях и переписях XVIII–XIX веков она почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении: скорее всего, предки носителей фамилии получили её при советской паспортизации 1920–1930-х годов, когда многих горцев записывали по имени отца или деда. Социальный контекст — это чабаны, земледельцы, ремесленники, но никак не княжеский род: несмотря на компонент «хан» в основе, это прозвищное имя, а не наследственный титул.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Говдаев, Говдатов, Говдаханов) показывает, что суффикс -ханов — самый редкий из них. Он встречается в основном в тех случаях, когда имя предка включало титул «хан» (сравните: Муртазаханов, Алиханов). Так что Говдаханов — не просто «сын Говды», а именно «сын того, кого звали Говдахан», что подчёркивает уважительное или описательное прозвище родоначальника.