Фамилия Говненция — редкий случай, когда основа видна сразу, но происхождение неочевидно. Корень «говн-» в русских фамилиях обычно указывает на прозвище, связанное либо с физической нечистотой (человек мог быть неряшлив, работать с отходами), либо с переносным значением — «скверный, дрянной». Однако в фамилии Говненция бросается в глаза необычный суффикс «-енция», который для русской ономастики совершенно нетипичен. Обычные модели — это Говнов, Говнин, Говняев. Суффикс «-енция» встречается в фамилиях латинского или польского происхождения (например, Адвокатенция, Ассенция), но здесь он прикреплён к русской диалектной основе. Это даёт ключ к разгадке: скорее всего, фамилия Говненция — не исконно русская, а искусственная, семинарская.

В духовных училищах и семинариях XVIII–XIX веков будущим священникам нередко давали «благозвучные» фамилии на латинский манер. Иногда их переводили с русского на латынь, иногда просто приделывали латинское окончание к русскому корню, чтобы скрыть неблагозвучное или обидное прозвище. В случае с Говненция, скорее всего, поступили наоборот: взяли русское слово «говно» и оформили его по латинской модели, получив нечто вроде «говенция» — якобы латинского происхождения. Это могло быть сделано в насмешку или как попытка «облагородить» фамилию, но результат получился двусмысленным.

Менее вероятная, но возможная версия — что фамилия происходит от польского или украинского слова «говно» (в тех же значениях) с добавлением суффикса «-енция», который в польской ономастике встречается чаще. Однако польские фамилии на «-енция» обычно имеют латинские корни (например, Консеквенция), а не просторечные. Поэтому версия с семинарским происхождением выглядит правдоподобнее.

Поскольку фамилия крайне редкая, никакой географической привязки или списка известных носителей нет. Можно предположить, что предок носителя фамилии был либо семинаристом, получившим такую фамилию в виде шутки или наказания, либо выходцем из среды, где прозвище «Говно» было обычным, а потом его «латинизировали» при переезде или смене сословия. В любом случае, Говненция — яркий пример того, как фамилия может одновременно отражать и грубость основы, и книжную вычурность формы.