Фамилия Говноган — редкий случай, когда прозвищная основа сохранилась почти без изменений, без типичных фамильных суффиксов вроде -ов или -ин. Слово «говноган» в русских говорах означает не просто бранное слово, а конкретное прозвище: так могли назвать крикливого, скандального человека, который «ганит» (бранит, поносит) всех вокруг. Глагол «ганить» в диалектах значит «хулить, ругать, позорить», а первая часть корня усиливает уничижительный оттенок. Таким образом, Говноган — это «тот, кто грязно ругается» или, в более мягкой трактовке, «сквернослов».

Модель образования фамилии — «чистое прозвище», без добавления патронимического суффикса. Это характерно для украинской и южнорусской традиции, где фамилии часто застывали в форме нарицательного существительного (ср. Голота, Непийвода, Говноган). Буквального «сына Говногана» не было — фамилию просто записали так, как называли человека в быту. Встречается она преимущественно на юге России, в Ростовской области и Краснодарском крае, а также на востоке Украины, где подобные «говорящие» прозвища фиксировались в казачьей среде.

Версия о тюркском происхождении (от «ган» — «хан» или «кровь») маловероятна: слишком прозрачна русская лексическая основа, и звучание фамилии не оставляет простора для иной этимологии. Скорее всего, предок носителя фамилии был человеком с острым языком, не стеснявшимся в выражениях, — и это качество закрепилось за его потомками как родовое имя.