Основой фамилии Грачиков послужило мирское имя Грачик. Мирское имя Грачик восходит к названию птицы семейства вороновых с блестящим черным оперением – грач. Давая младенцу такое имя, как Грачик, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделено это животное. Согласно другой гипотезе, в основе фамилии Грачиков лежит не мирское имя, а прозвище Грачик – так человека могли прозвать за некое сходство с грачом, например, за черные волосы. Веселовского упоминаются родственные именования: Грачев Иван, крестьянин (1627 г.), а также Грачко Трофим, крестьянин (1492 г., Переяславль). Таким образом, потомок человека, обладающего именем Грачик, со временем получил фамилию Грачиков.