Фамилия Гришеня — довольно редкая, и её разбор сразу уводит в сторону от привычных «Григорьев» и «Гришиных». В основе лежит имя Гриша, сокращённая форма от Григорий (от греческого «бодрствующий»). Но суффикс -еня указывает на иную, более архаичную модель образования. В русском языке, особенно в западных и южных говорах, суффикс -еня (как в фамилиях Костеня, Феденя, Павленя) часто служил для образования уменьшительно-ласкательных или «сыновьих» форм: Гришеня — буквально «маленький Гриша», «Гриша-сын». Это не отчество в привычном смысле (нет -ов/-ев или -ин), а скорее прозвищное имя, которое закрепилось за потомками.

Географически фамилия тяготеет к Белоруссии и западным областям России — Смоленщине, Брянщине, Псковщине. В этих регионах модель фамилий на -еня встречается чаще, чем в центральной России, где победили фамилии на -ов. Если предки Гришени были из этих краёв, то, скорее всего, они относились к крестьянам или мещанам — фамилии на -еня редко встречались у дворянства, которое предпочитало более «официальные» формы.

Интересная деталь: в украинском языке суффикс -еня также продуктивен, но там он чаще образует фамилии от имён на -а: Гриценко, Грищенко. Гришеня — это более северный, русско-белорусский вариант, сохранивший старую форму без наращения -к-. Поэтому носитель фамилии может смело предполагать, что его предки жили на стыке двух культур, где имя Гриша превратили в ласковое, но устойчивое родовое прозвище.

В документах XVII–XVIII веков такая форма могла фиксироваться как простое именование «Гришеня» без фамильного суффикса, и только позже, при переписях, она закрепилась за семьёй. Споров о происхождении основы нет — однозначно от Григория, а вот суффикс -еня — главная улика, указывающая на регион и социальный слой.