Фамилия Грофенин — редкая и по звучанию необычная для русского уха. Её происхождение неочевидно, и здесь нужно разбирать не столько корень, сколько словообразовательную модель. Фамилия образована с помощью суффикса -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность: «чей?» — Грофенин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Грофена.

Самая правдоподобная версия — что в основе лежит прозвище Грофеня, а оно, в свою очередь, восходит к западноевропейскому (скорее всего, немецкому или голландскому) слову «Graf» — граф. В русских говорах, особенно в регионах, где было много немецких переселенцев (Поволжье, Прибалтика, Петербургская губерния), слово «граф» могло искажаться в просторечии: «гроф», «грох». Отсюда — Грофеня (уменьшительное от «гроф»), а затем и фамилия Грофенин. То есть предок носителя фамилии мог получить прозвище за сходство с графом (важность, манера держаться) или, что реже, за службу у графа.

Вторая, менее вероятная версия — связь с диалектным глаголом «грофить» или «грохнуть», но она не находит надёжных подтверждений: суффикс -ен- в основе (Грофен-) скорее указывает на адаптацию иноязычного корня, чем на славянскую глагольную форму. Также не стоит путать фамилию с польской Грофенский или чешской Гроф — они образованы от топонимов, а Грофенин — чисто русская патронимическая модель.

Фамилия не относится к дворянским — суффикс -ин в данном случае не родовой, а бытовой, крестьянский или мещанский. Географически Грофенины, скорее всего, встречались в регионах с немецким влиянием: например, в бывшей Самарской или Саратовской губерниях, где существовали колонии поволжских немцев. В дореволюционных справочниках фамилия не фиксируется как распространённая — это редкий случай, когда прозвище, образованное от социального титула, закрепилось в простонародной среде.