Фамилия Грунтковская образована по типичной для польских и западнорусских дворянских фамилий модели — от названия населённого пункта с суффиксом -ск-/-цк-. Основа здесь — Грунтков или Грунтки. Корень «грунт» в польском и украинском языках означает «почва», «земля», «основание». В польской ономастике фамилии вроде Gruntkowski, Gruntkowska фиксируются с XVI–XVII веков и обычно указывают на владельца земли или человека, жившего на хуторе с таким названием.

Родовое гнездо, скорее всего, находилось на территории современной Западной Украины, Беларуси или восточной Польши — в зоне, где польская шляхта смешивалась с местным населением. Женская форма Грунтковская (с окончанием -ая) закрепилась в русском языке при передаче польской фамилии, где исходная Gruntkowska звучала бы иначе. Суффикс -ов- в основе (Грунт-ов-ск-) добавляет оттенок принадлежности: буквально «относящийся к Грунтку» или «происходящий из Грунткова».

Вторая, менее вероятная версия, связывает фамилию напрямую с прозвищем Грунток — человека приземистого, «приземлённого» или крепко стоящего на ногах. Но для фамилий на -ский такой путь нетипичен: обычно они топонимические, а не от личных прозвищ. Поэтому основная гипотеза — географическая.

В Российской империи носительницы фамилии Грунтковская могли принадлежать к мелкопоместной шляхте или духовенству — эти сословия активно использовали «шляхетский» формант -ский. Встречаемость фамилии сегодня невысока, она сохранилась в основном на Украине, в Беларуси и в южных областях России.