Фамилия Гуанес — редкий случай, когда географический указатель в суффиксе почти наверняка перевешивает любую другую версию. Формант -ес в русском контексте нехарактерен для исконных моделей: это не типичный -ов, -ин или -ский. Скорее всего, перед нами испанская или португальская фамилия, адаптированная к русской письменности. В романских языках -ес — распространённый патронимический суффикс (сын такого-то), сродни русскому -ович. Корень Guan- может восходить к личному имени или топониму. В испанском и португальском есть фамилия Guanes, и её носители встречаются в Латинской Америке, особенно в Бразилии и странах Карибского бассейна.

Если же говорить о возможном русском происхождении, то оно маловероятно, но гипотетически можно предположить искажение при переписи. Например, фамилия могла возникнуть из прозвища Гуан — от диалектного «гуанить» (шуметь, галдеть) или от тюркского «гуан» (знатный, господин). Но суффикс -ес в русском просторечии не образовывал фамилий: он встречается в единичных заимствованиях (например, через греческие или молдавские фамилии). Поэтому версия с испанскими корнями выглядит убедительнее.

В Российской империи фамилия Гуанес практически не фиксировалась. В современных базах данных она встречается единично, преимущественно у людей, чьи предки могли быть выходцами из Испании или португалоязычных стран. Возможно, фамилия попала в Россию через моряков или торговцев в XIX — начале XX века. Иной путь — через советские интернациональные браки или потомков испанских детей, эвакуированных в СССР в 1937 году.

Ономастические словари эту фамилию не разбирают — она слишком редка для русского ареала. Если ваш предок носил фамилию Гуанес и жил в России, скорее всего, он был либо иностранцем, либо потомком смешанного брака. В любом случае, это не крестьянская и не дворянская русская фамилия, а привозной элемент, который сохранил свою первоначальную форму без типичной русификации.