Фамилия Губушкина образована от прозвища или нецерковного имени Губушка. Основа здесь — слово «губа», но не в современном анатомическом значении, а в старорусском диалектном: «губа» означала залив, бухту, а также гриб (например, «губник» — грибник). Однако в основе фамилии чаще всего лежит личное прозвище. Губушкой могли называть человека с полными, пухлыми губами или того, кто любил много говорить, «распускать губы» — то есть болтуна или обидчивого человека («надуть губы»). Встречается и версия, что Губушка — уменьшительная форма от имени Губа, которое в XV–XVII веках фиксируется в документах как самостоятельное нецерковное имя.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Губушкина — дочь или жена Губушки. По модели образования это типичная русская фамилия, аналогичная сотням других на -ин (Петин, Кузьмин, Сорокин). В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые чаще шли от профессий или отчеств на -ович, суффикс -ин крепче держался в северных и центральных русских говорах. Поэтому географически фамилия Губушкина тяготеет к Вологодской, Архангельской, Костромской областям, где слово «губа» в значении «губа» или «гриб» было особенно употребительно.

Любопытная деталь: в ономастике фамилия Губушкин (мужской вариант) считается относительно редкой — она не входит даже в первую тысячу распространённых русских фамилий. Это значит, что род, скорее всего, не был многочисленным и разветвлённым. В социальном плане носители фамилии, вероятно, происходили из крестьян или посадских людей, так как прозвища с бытовой, «телесной» основой характерны для низших сословий, где внешность или привычки давали меткое прозвание.

Итак, предок современных Губушкиных мог быть либо человеком с заметными губами, либо говорливым соседом, либо — реже — грибником, жившим у залива. Точную версию без генеалогического исследования не установить, но все три варианта укладываются в логику русской антропонимии.