Фамилия Губякин звучит редко и неоднозначно, но её происхождение укладывается в одну из двух основных моделей. В обоих случаях перед нами типичная русская фамилия на -ин, образованная от личного прозвища или имени, оканчивающегося на -а/-я.

Первая и самая вероятная версия — связь с диалектным словом «губак». В говорах так называли гриб-подосиновик или, шире, любой губчатый гриб. Прозвище Губак могли дать грибнику, любителю собирать дары леса или же человеку с характерной внешностью (например, с крупными, «губчатыми» губами). От этого прозвища через форму родительного падежа «Губяка» и образовалась фамилия: чей? — Губякин, то есть сын или потомок Губяки. Суффикс -ин здесь работает как притяжательный, как в фамилиях Пушкин, Кузьмин.

Вторая гипотеза, менее распространённая, но тоже имеющая право на существование, — отчество от крестильного имени Губа. В русской народной традиции так могли сокращать редкие календарные имена вроде Гурий или Густав. Однако в данном случае форма «Губякин» подразумевает, что исходное имя или прозвище звучало как «Губяка» — это уже не просто сокращение, а экспрессивная форма с суффиксом -як, характерная для севернорусских и сибирских говоров. Такие прозвища часто давали по действию или свойству: «губяка» могло означать человека, который «губит» (портит, разрушает), но эта версия выглядит натянутой, так как глагол «губить» даёт в народной речи другие производные (Губитель, Губица).

Географически фамилия Губякин встречается в основном в центральных и северных регионах России, особенно в Вологодской и Архангельской областях, что косвенно подтверждает связь с северным диалектом. По сословному составу — это, скорее всего, крестьянская или посадская фамилия, поскольку прозвищные фамилии на -ин характерны для непривилегированных слоёв. Дворянские роды с такой фамилией в исторических источниках не фиксируются. Таким образом, предки носителей фамилии Губякин — скорее всего, люди, получившие своё прозвище за связь с лесом, грибами или за внешнюю особенность, и жившие на Русском Севере.