Фамилия Губикин звучит необычно из-за редкого суффикса -ин, но на самом деле образована по стандартной для русских фамилий модели. Основа — прозвище или мирское имя Губика. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Губики. То есть Губикин — потомок человека по прозвищу Губика.

Сам корень «губ-» многозначен. Самое прямое объяснение — от слова «губа». Прозвище Губика могли дать человеку с заметными, пухлыми или чем-то примечательными губами. Такие прозвища по внешним чертам — «Губа», «Губан», «Губища» — известны в русской антропонимии с древности. В словаре Веселовского «Ономастикон» упоминаются люди с прозвищем Губа (крестьянин Губа, 1495 год; подьячий Губа, 1545 год), а Губика — это уменьшительная форма от того же корня, вроде «Губка». Уменьшительно-ласкательный суффикс -ик мог означать не только маленький размер, но и ироничное или дружеское отношение.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В северных русских говорах «губить» означало «портить, уничтожать», а «губика» могло быть прозвищем для человека, который что-то портил или разорял — например, нерадивого работника или, наоборот, сурового начальника. Но эта версия слабее: фамилии от глагольных основ с суффиксом -ика встречаются реже, чем от прозвищ по внешности.

Географически фамилия Губикин редкая. Встречается в основном в центральных областях России и в Поволжье, но массового распространения не получила. Это говорит о том, что фамилия могла возникнуть в одной местности, от одного конкретного человека, и не разойтись широко. В дореволюционных списках она почти не фигурирует среди дворянских или купеческих родов — скорее всего, предки Губикиных были крестьянами или мещанами.

Интересно, что фамилия Губикин созвучна с названием города Губкин в Белгородской области, но никакой связи между ними нет. Город назван в честь геолога Ивана Губкина, а его фамилия образована от другого корня — «губка» (в значении «гриб» или «пористый материал»). Так что Губикин и Губкин — разные по происхождению фамилии, хотя внешне похожи.

Если коротко: фамилия Губикин — от прозвища Губика, которое, скорее всего, дали человеку с крупными или необычными губами. Предки — простые люди, жившие в центральной России.