Фамилия Губянова — яркий пример того, как русская ономастика сохраняет память о старых прозвищах, утративших своё прямое значение. В основе лежит слово «губан» или «губатый», то есть человек с большими, толстыми или отвислыми губами. Такие прозвища в XV–XVII веках давали без злого умысла, по внешней примете — это был способ отличить одного крестьянина или посадского от другого. Фамилия образована по стандартной модели: прозвище Губан + патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова), что буквально означает «дочь или жена Губана».

Интересно, что в русских говорах у слова «губан» были и другие значения. В некоторых регионах так называли гриб-подберёзовик или человека с брезгливым выражением лица («губы дует»). Однако наиболее вероятная версия — именно внешняя характеристика. В словаре древнерусских прозвищ С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Губан (XVI век, Новгород), что подтверждает реальность такого именования.

Суффикс -ин, который встречается в фамилии, — редкий для этой основы. Обычно от «Губана» образовывали Губановых. Форма Губянова может указывать на то, что исходное прозвище звучало как «Губян» (вариант с мягким окончанием) или что фамилия закрепилась в местности, где преобладал суффикс -ин (например, в некоторых районах Рязанской или Тамбовской губерний). В любом случае, перед нами не дворянская фамилия, а крестьянская или мещанская: такие прозвищные фамилии редко носили высшие сословия.

Написание с буквой «я» во втором слоге — не ошибка, а следствие исторического произношения. В говорах «Губанов» могло звучать как «Губянов», и это закрепилось в документах. Если искать однокоренные фамилии, то ближайшие — Губанов, Губанков, Губарев (от «губарь» — тот, кто дует губы, капризничает). Но Губянова стоит особняком: она не так частотна, как Губанов, и говорит о том, что предки жили в местности, где сохраняли диалектные особенности произношения.