Фамилия Губжоковы — это адыгская (черкесская) фамилия, указывающая на происхождение от предка по мужской линии. Её основа — адыгейское имя Губжок (Губжук), которое складывается из двух частей: «губж» — «гневный, сердящийся» и «къо» — «сын». Такие составные имена, часто с пожеланием силы и сурового нрава, давали мальчикам, чтобы те росли смелыми и непреклонными.

Суффикс -ов в фамилии — типичный для русской грамматики способ передачи принадлежности («чей?»), поэтому Губжоковы — это буквально «люди из рода Губжока». Встречаются и варианты написания: Губжуков, Губжоков, что связано с особенностями произношения в разных адыгских диалектах. Сама модель «основа имени + -ов» характерна для фамилий, которые оформлялись в XIX–XX веках при взаимодействии с русской административной системой.

Фамилия распространена в среде адыгов (кабардинцев и черкесов), особенно в Кабардино-Балкарии, Карачаево-Черкесии и Адыгее. Встречается она и у потомков мухаджиров — адыгов, переселившихся в Турцию, Иорданию и Сирию в XIX веке. В России носители фамилии — это, как правило, потомки людей, носивших это имя ещё до того, как фамилии закрепились официально.

Не стоит связывать фамилию с русским словом «губа» или «жок» — это случайное звуковое совпадение. Корни здесь чисто адыгские, и фамилия Губжоковы — один из живых памятников кавказской антропонимии, где имя могло стать родовым прозвищем, а затем и фамилией.