Фамилия Губжокова — адыгейская по происхождению. Её основа — мужское личное имя Губжок, которое представляет собой фонетический вариант имени Губжук. В свою очередь, оно складывается из двух адыгейских корней: «губж» — «сердящийся, гневный» и «къо» — «сын». Подобные имена давали мальчикам с пожеланием, чтобы они выросли сильными, смелыми и могли постоять за себя. Фамилия означает «потомок Губжока».

Суффикс -ова указывает на принадлежность к роду — типичная для адыгских фамилий модель, где к имени предка добавляется родовой показатель. В адыгейской ономастике распространены имена-пожелания и имена-характеристики: например, Калашау («городской парень»), Хагур («худой, тощий»), Учужук («сын ставшего на ноги»), Гучешау («сын кузнеца»). Имя Губжок стоит в том же ряду — оно не описывало внешность, а задавало характер.

Процесс закрепления фамилий у адыгов шёл неравномерно и растянулся на несколько поколений. Точно определить, когда именно и в каком ауле предок получил имя Губжок, а его дети — фамилию Губжоковы, можно только по результатам генеалогического исследования с опорой на архивные записи и родовые предания.