Фамилия Гудуян — редкий случай, когда географию происхождения почти наверняка выдаёт окончание. Суффикс -ян (в старой орфографии -янц) — классический признак армянских фамилий, образованных по модели «основа + патронимический суффикс». Если перед нами именно армянский вариант, то Гудуян означает «потомок Гуда» или «из рода Гуду». Основа Гуд- в армянском языке может восходить к личному имени Гуд (возможно, сокращённая форма от более длинного имени) либо к слову «гуд» — в некоторых диалектах так называли кожаный мех для вина или бурдюк. Прозвище Гуд мог получить кожевник, бондарь или торговец вином.

Впрочем, не исключён и тюркский след. В тюркских языках слово «гуд» или «куд» встречается в значениях «сила», «мощь» или «счастье». Фамилии на -ян у тюркских народов — редкость, но в Закавказье, где веками смешивались армянские, тюркские и курдские элементы, такое возможно. Тогда Гудуян — это адаптированная к армянской модели фамилия от тюркского прозвища Гуду («силач» или «удачливый»).

Третий вариант — греческий. В понтийских греческих фамилиях тоже встречается суффикс -ян (как заимствование из армянского), а основа «гуд» могла произойти от греческого «γουδ» — звукоподражательного слова, связанного с глухим стуком или ударом. Так могли прозвать кузнеца или плотника.

Точной привязки к сословию или конкретной местности по фамилии Гудуян нет — это не столбовая дворянская фамилия, а скорее родовая, возникшая в среде ремесленников или крестьян. В дореволюционных метрических книгах и переписях она почти не встречается, что говорит о её локальном бытовании, вероятно, в Западной Армении или среди армянской диаспоры в Крыму, на Кубани или в Ростовской области. Массовый исход носителей фамилии мог прийтись на период геноцида армян 1915 года и последующие волны эмиграции.

Из известных носителей: есть упоминания о Гудуяне Арташесе — советском и армянском хозяйственном деятеле, но это скорее единичный случай. Фамилия остаётся редкой, и её разбор — поле для гипотез, а не для однозначного ответа. Самая правдоподобная версия — армянская, с основой, указывающей на ремесло или личное имя.