Фамилия Гудун ведет свое начало от аналогичного прозвища, которое этимологически связано с корнем глагола «гудить». Даля это слово трактуется как «порицать, корить, осуждать». Вполне вероятно, что этим прозвищем называли требовательного, строго человека. По другой версии, основой для прозвища Гудун послужил корень глагола «гудить» в значении «играть на гудке». Исходя из этого, можно предположить, что родоначальник Гудун был музыкантом. Согласно еще одной гипотезе, прозвище Гудун восходит к тюркскому слову «гудун». На русский язык оно переводится как «безрассудный». Возможно, что это прозвище получил безбашенный, легкомысленный человек. При образовании славянских фамилий использовались различные форманты: окончания принадлежности (-ов/-ев, -ин, -ский/-цкий, -ун), уменьшительные суффиксы (-онок/-енок, -енко, -ко, -ец, -ек, -ик, -чик, -еня), суффиксы отчества (-ович/-евич, -ич) и др. Так, в Книге памяти Республики Белоруссия упоминается циркулярщик артели «Красный мебельщик» Гудун Афанасий Адамович, родившийся в 1909 году в деревне Жабино Сторобинского района.