Фамилия Гугенгеймер образована от аналогичного прозвища, восходящего к топониму Гугенхайм. Так называется населенный пункт в Эльзасе – исторической области Франции, а так же местечко в Гессене в Германии. Происхождение названия Гугенхайм спорно. Не вызывает сомнения значение второго корня в составе этого топонима: «хайм» восходит к древневерхненемецкому существительному heim - «поместье». Что касается компонента «гуген», он, согласно одной из версий, происходит от старофранцузского имени Гюго, образованного от германского корня hug - «сердце», «дух», «разум». Таким образом, название Гугенхайм можно перевести как «поместье человека по имени Гюго». Компонент –ер является суффиксом принадлежности, который часто используется при образовании немецких фамилий. Так могли назвать выходца из Гугенхайма. Так, например, в Книге памяти Ульяновской области упоминается Эмма Яковлевна Гугенгеймер, родившийся в 1880 году в селе Новософиевка Днепропетровской области Украины.