Фамилия Гугунская — редкая, и её происхождение неочевидно. Сразу снимаем главный вопрос: она не связана с пекинским музеем Гугун (Запретный город). В русском языке это название музея — заимствование из китайского, а фамилия имеет славянские корни, хотя и с необычной огласовкой.

Словообразовательная модель указывает на то, что это фамилия польского или украинского типа, образованная с помощью суффикса -ск- (женская форма — -ская). Такие фамилии обычно давались по названию места: села, усадьбы или географического объекта. Основа «Гугун» могла быть топонимом. В польских и украинских землях существовали населённые пункты с похожими названиями — например, Гугуны или Гугоново. В таком случае предок носителя фамилии был либо владельцем этого места (шляхтич), либо выходцем оттуда (крестьянин, мещанин).

Вторая версия — прозвищная. В диалектах восточнославянских языков слово «гугун» могло означать человека с невнятной речью, картавого или заику. Сравните с украинским «гугнявий» (гнусавый) или польским «gęgać» (гоготать, бормотать). Если так, то фамилия первоначально была прозвищем Гугун, а суффикс -ский добавился позднее, когда прозвище закрепилось как фамильное имя по модели «чей?» — «Гугунский», то есть «потомок Гугуна».

Третья, менее вероятная гипотеза — связь с тюркскими корнями. В тюркских языках «гугун» или «кюкюн» может означать «синеватый», «голубоватый» (о цвете). Но в русской ономастике фамилий с таким корнем почти нет, поэтому эта версия остаётся спекулятивной.

Географически фамилия Гугунская встречается крайне редко, в основном на западе Украины и в Польше, а также среди потомков переселенцев в России. Сословная принадлежность носителей могла быть разной: от мелкой шляхты до крестьян, получивших фамилию по месту жительства. Точных сведений о датах первого упоминания нет.