Фамилия Гугунин — одна из тех, где на первый план выходит суффикс, который может сбить с толку. В ней нет типичного -ов или -ев, а стоит -ин. В русской ономастике суффикс -ин обычно указывает на принадлежность: «чей?» — гугунин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Гугуня. Это не географическая привязка, а прямая отсылка к личному имени или прозвищу родоначальника.

Основа фамилии — Гугун- — почти наверняка восходит к древнерусскому прозвищу Гугуня. В диалектах «гугуня» или «гуга» означало человека неразговорчивого, угрюмого, либо того, кто говорит невнятно, «гугукает» (ср. с глаголом «гугукать» — издавать нечленораздельные звуки). Есть и другая версия: в некоторых говорах «гугуня» — это просто прозвище для медлительного или задумчивого человека. Оба значения укладываются в модель, когда фамилию давали по заметной черте поведения.

Менее вероятно, но стоит упомянуть, что в редких случаях фамилия могла возникнуть от тюркского имени Гугун, но для русской ономастики это спорная гипотеза — суффикс -ин и фонетика указывают скорее на славянскую основу. Словарь Б. Унбегауна по русским фамилиям подтверждает, что модель «прозвище на -я + -ин» — одна из самых распространённых для обозначения потомка, и Гугунин вписывается в этот ряд.

Географически фамилия редкая и встречается в основном в центральных и южных областях России, особенно в Воронежской и Ростовской областях. Это косвенно указывает на возможное происхождение из среды крестьян или однодворцев, где прозвища фиксировались в документах без изменений. Никаких дворянских корней или громких исторических фигур с этой фамилией не зафиксировано — перед нами типичная фамилия-прозвище, которая просто закрепилась за родом.

Таким образом, предки носителя фамилии Гугунин, скорее всего, были людьми, получившими в быту прозвище за манеру говорить или за характер: неспешный, молчаливый, себе на уме. Фамилия не несёт в себе ни ремесла, ни сословия — только личную черту, которая когда-то показалась важной окружающим.