Фамилия Гугунский — одна из тех, где корень звучит не по-славянски, а суффикс указывает на польское или украинское происхождение. Модель образования типична для шляхетских фамилий: основа плюс суффикс -ский/-цкий, который в XVI–XVII веках был маркером принадлежности к дворянскому сословию или к владельцам земли. Но был ли Гугунский действительно шляхтичем — вопрос открытый.

Самая прямая версия связывает фамилию с географическим названием. В Польше и на западе Украины встречаются топонимы Гугуны, Гугунь, Гугунка. Например, село Гугуны есть в Львовской области. От названия такого поселения и могли образовать фамилию: «тот, кто из Гугун». В этом случае предок Гугунского был либо владельцем этого места, либо просто выходцем оттуда — крестьянином, которого переселили и записали по месту прежнего жительства.

Корень «гугун» менее очевиден. Он может восходить к диалектному польскому guguć — «ворковать», «лепетать», а также к белорусскому «гугаць» — «кричать», «аукать». В таком случае прозвище Гугун могли дать человеку с тихим голосом или, наоборот, крикливому и шумному. Но эта версия слабее топонимической: суффикс -ский редко присоединяли к личным прозвищам, для этого чаще использовали -ов/-ев или -ин.

Суффикс -ский в фамилии Гугунский не обязательно говорит о дворянстве. В XIX веке такие фамилии массово давали семинаристам — будущим священникам. Семинаристы часто получали фамилии от названий церквей, сёл или просто по красивому звучанию. Гугунский мог появиться из семинарской среды, если в основе лежало название села Гугуны, где стояла церковь.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных российских базах Гугунские единичны, и почти все они — из западных регионов (Смоленская, Брянская области) или с Украины. Это подтверждает версию о западном, возможно, польско-украинском корне. Фамилия не претерпела изменений: она сразу писалась как Гугунский, без вариантов вроде Гугунской или Гугуньский.

Итог: скорее всего, фамилия образована от названия населённого пункта Гугуны, а её носители — выходцы из западнорусских или украинских земель, не обязательно дворяне, но люди, чью фамилию оформили по модели, популярной у шляхты и духовенства.