Фамилия Гугушкина — женская форма фамилии Гугушкин. Её основа, скорее всего, связана с прозвищем или некалендарным именем Гугушка. В русской народной традиции «гугукать» означало издавать нечленораздельные звуки, ворковать, подражать голубю. Так могли прозвать человека с мягким, ласковым голосом или, напротив, того, кто невнятно говорил. В некоторых говорах «гугуня» — плакса, капризный ребёнок, что тоже могло стать источником прозвища.

Словообразовательная модель проста: суффикс -к- (Гугуш-к-а) указывает на уменьшительно-ласкательную форму, а затем фамильный суффикс -ин (-а) образует притяжательное прилагательное, отвечающее на вопрос «чей?» — сын или дочь Гугушки. Фамилии на -ин типичны для северных и центральных областей России, где основа чаще всего была прозвищем, а не крестильным именем.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским корнем «гугуш» (птица, голубь). В таком случае фамилия могла возникнуть в регионах смешанного русско-тюркского населения, например в Поволжье или Приуралье. Однако русская огласовка с суффиксом -к- и типичное окончание -ин указывают скорее на исконно славянское происхождение.

Сословно Гугушкины, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Фамилия редкая, не встречается в дворянских родословных книгах. В современных базах данных носители сосредоточены в основном в Удмуртии и Кировской области, что подтверждает северно-русский ареал распространения фамилий на -ин.

Если отталкиваться от значения прозвища, предок носительницы этой фамилии мог быть человеком тихим, ласковым или, наоборот, говорливым — в зависимости от того, какой оттенок вкладывали в слово «гугушка» в его местности.