Фамилия Гугушкин — редкий пример, где прозвищная основа, скорее всего, не связана с каким-либо ремеслом или профессией, а восходит к личным именам или звукоподражательным прозвищам. Словообразовательная модель здесь прозрачна: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), то есть Гугушкин — буквально «сын Гугушки» или «человек из семьи Гугушки». Основа Гугуш- — это либо уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени, либо прозвище, данное по поведению.

Наиболее правдоподобная версия возводит Гугушку к имени Гурий (каноническая форма) или Гурий/Гурей в народном произношении. В русской традиции имена часто усекали и добавляли суффиксы субъективной оценки: Гуря → Гурушка → Гугушка. Переход «р» в «г» в живой речи не редкость (сравните диалектное «гамашка» вместо «рубашка»). Так Гурий превратился в Гугушу, а потом и в фамилию. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» подобные случаи переосмысления основ через детскую речь или диалекты описаны как типичные для фамилий на -ин.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — происхождение от прозвища Гугуша, связанного с глаголом «гугукать» (ворковать, издавать неясные звуки, как голубь или младенец). Такое прозвище могли дать человеку с мягким, тихим голосом или, наоборот, тому, кто постоянно что-то бормотал. В этом случае фамилия оказывается в одном ряду с Гугуевым, Гугнивым и другими «звуковыми» фамилиями.

Географически фамилия Гугушкин встречается крайне редко, преимущественно в центральных и южных областях России, что косвенно подтверждает её происхождение от народной формы имени Гурий (популярного в крестьянской среде). Сословной привязки нет: такие фамилии могли получить и крестьяне, и мещане, и духовенство (имя Гурий было распространено среди священников). Единственное, что можно утверждать наверняка: фамилия не искусственная (не из семинарских), а бытовая, сложившаяся в живой речи.