Фамилия Гугузина — женская форма фамилии Гугузин. В основе лежит редкое прозвище или имя Гугуза. Скорее всего, оно образовано от диалектного глагола «гугузнуть» — ударить, стукнуть, или от существительного «гугуз» — задира, драчун (в некоторых южнорусских и украинских говорах). Таким образом, первый носитель фамилии мог получить прозвище за драчливый или вздорный характер, либо за манеру резко, «с гугузом» отвечать.

Менее вероятна, но возможна связь с тюркскими корнями: в тюркских языках есть слова, звучащие как «кюкюз» или «гюгюз» — сильный, могучий, или же «гюгюш» — борьба, схватка. В таком случае прозвище могло означать «силач» или «борец». Однако для фамилии Гугузина, которая имеет характерный славянский суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Гугузы), версия со славянским диалектным корнем выглядит более прямой и естественной.

Фамилия редкая, географически не привязана к одному региону, но единичные случаи встречаются в Поволжье и на юге России. В дореволюционных метрических книгах Гугузины почти не фиксируются, что говорит о позднем оформлении фамилии — скорее всего, в XIX веке у крестьян, которые получали фамилии по прозвищам уже после отмены крепостного права. Сословно — почти наверняка крестьянское или мещанское происхождение, без дворянских корней.