Фамилия Гунагина — женская форма фамилии Гунагин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: от мужской фамилии на -ин отсечением окончания и добавлением -а. Поэтому, чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант — Гунагин.

Фамилия Гунагин — редкая и неочевидная. Её основа — Гунаг(а) — не встречается в современных словарях личных имён или распространённых прозвищ. Скорее всего, это прозвище, образованное от диалектного или профессионального слова. Наиболее правдоподобная версия связывает её с тюркским корнем «гун» (день, солнце) или «гуна» (грех, вина) в каком-либо местном говоре. Однако в русской ономастике прижилась другая гипотеза: прозвище Гунага могло относиться к человеку, который занимался гончарным делом или имел отношение к глине. В некоторых южнорусских и украинских говорах «гунька» — это грубая ткань, мешковина, а «гуна» — глиняный горшок или плошка. Человека, делавшего или продававшего такую посуду, могли прозвать Гунагой.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Гунагин — это «сын Гунаги» или «человек из семьи Гунаги». Фамилия закрепилась за потомками этого прозвищного предка.

Географически фамилия Гунагина встречается крайне редко. Основной ареал — центральные и южные регионы России, а также Поволжье, где исторически сильны тюркские и ремесленные традиции. Встречаются единичные носители в Ростовской, Волгоградской областях и в Татарстане.

Сословная принадлежность первых носителей неясна: прозвище могло возникнуть как в крестьянской, так и в ремесленной среде. В дореволюционных документах фамилия не фиксируется в дворянских родословных книгах, что говорит о её простонародном происхождении.

Таким образом, фамилия Гунагина, скорее всего, указывает на предка-ремесленника, связанного с гончарным делом или изготовлением грубой ткани. Второстепенная, менее вероятная версия — тюркское происхождение прозвища, связанное с понятиями «вина» или «долг».