Фамилия Гунаева образована от мужского имени или прозвища Гунай. Её основа — нецерковное имя Гунай, которое в старину было распространено в разных слоях общества. Слово «гуна» в древнерусском языке означало «плохая, худая одежда, рубище», а также «пенька, грубое волокно». Соответственно, Гунаем могли прозвать либо бедно одетого человека, либо того, кто занимался обработкой пеньки и изготовлением грубых тканей — кулей, рогож, канатов. Второй вариант выглядит убедительнее, потому что прозвища по роду занятий встречались чаще, чем по внешнему виду одежды.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Гунаев — сын Гуная. Фамилия недвусмысленно говорит о происхождении от отца, носившего это имя или прозвище. В русской ономастике модель на -ев характерна для основ, оканчивающихся на мягкий согласный или -й, поэтому форма Гунаев закономерна.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям. Встречается в документах по Тамбовской, Рязанской и Саратовской губерниям — регионам, где было развито коноплеводство и кустарное производство пеньки. Это косвенно подтверждает связь прозвища с ремеслом. В XIX веке Гунаевы числились в основном среди государственных крестьян и мещан, то есть людей податных сословий, не имевших дворянского статуса.

Редкость фамилии объясняется тем, что основа Гунай — нечастый вариант. Возможно, это краткая форма от канонического имени Гурий, но более вероятно, что перед нами самостоятельное прозвище, не связанное с церковным именословом. В любом случае, фамилия Гунаева сохранила память о предке, которого в быту называли просто и ёмко — по его делу или облику.