Фамилия Гункеле — редкий случай, когда географический маркер оказывается надёжнее, чем попытка разобрать её по славянским суффиксам. В русском языке окончание -е нехарактерно для фамилий: типичны -ов, -ин, -ский, -их. А вот в прибалтийско-немецкой традиции, особенно на территории бывшей Курляндии (современные Латвия и Эстония), фамилии на -е, -еn — обычное дело. Поэтому первая и основная версия: Гункеле — это онемеченная фамилия балтийского происхождения, скорее всего, от личного прозвища или профессии.

В основе лежит корень, который встречается в нижненемецких и скандинавских диалектах: Gunkel или Günkel. В одном из значений это уменьшительное от имени Гунтер (Gunther) — древнегерманского имени со значением «битва» и «воин». По другой версии, Gunkel могло быть прозвищем человека с грубой, мешковатой одеждой или неуклюжей походкой — в некоторых немецких говорах так называли неуклюжего, нерасторопного человека. Третья, менее вероятная, но не исключённая гипотеза — связь с ремеслом: Gunker в диалектах означало «прядильщик» или «тот, кто работает с пенькой», что могло трансформироваться в фамилию.

Судьба носителей фамилии на территории Российской империи типична для остзейских немцев. Гункеле могли быть потомками переселенцев, приглашённых в Прибалтику ещё в XIII–XVI веках, а затем, в XVIII–XIX веках, часть из них перебралась во внутренние губернии России — на военную или гражданскую службу. Встречаются упоминания о роде Гункеле из Риги и Митавы (Елгавы), где они числились среди купцов, аптекарей и мелких чиновников. После революции 1917 года и репатриации немцев в 1940-х годах фамилия почти исчезла из российского контекста, но сохранилась в странах Балтии и в диаспоре.

С точки зрения словообразования, суффикс -е здесь не русский, а немецкий патронимический или локативный формант, указывающий на принадлежность к роду или месту. Если бы фамилия была славянской, она звучала бы как Гункелев или Гункелин. Но в реальном бытовании встречаются варианты написания: Гункеле, Гункель, Gunkel, Günkel — и это ещё раз подтверждает её западное происхождение. Таким образом, для носителя фамилии Гункеле наиболее вероятная история предков — это путь от немецкого прозвища или имени в среде остзейских бюргеров до фамилии, закрепившейся в Прибалтике.